在持续快速增长过程中，一些突出问题也成为制约物流业发展的“顽症”。比如，税负较重、重复纳税，过路、过桥费过高，公路“乱收费、乱罚款”，配送车辆进城难，物流业用地难、地价高等等。这些问题导致物流业运行成本上升、货物流通不畅，物流企业不堪重负。

    2011年5月，中物联协助中央电视台组织策划了《聚焦中国物流顽症》系列节目，通过《经济半小时》《经济观察》和《对话》等栏目，集中剖析了我国物流业发展环境中的突出问题，在社会上引起了极大反响。全国人大财经委、中央政策研究室、国务院办公厅、国家发改委、商务部、工信部等部门，先后召开专题会议。新华社、人民日报、经济日报、中央人民广播电台以及众多媒体深入报道，促进了有关问题的解决。
    6月，交通运输部等五部门发出《关于开展收费公路专项清理工作的通知》。到2011年年底，全国收费公路专项清理工作第一阶段调查摸底基本完成。18个省市取消了政府还贷二级公路收费，撤销收费站1892个、涉及9.4万公里。许多数省市区采取撤销站点、降低收费标准等措施，我国首条高速公路——上海沪嘉高速已取消收费。公路“乱收费”、“乱罚款”问题有所缓解。北京、上海、苏州等城市配送车辆进城通行条件有所改善。