微生物诊断通过病原学诊断和药物敏感性分析为临床传染性疾病的预防、诊断、治疗和疗效观察提供依据，微生物诊断侧重对样本中微生物的检测，目前该行业自动化水平逐步提升。

目前微生物的快速诊断主要有3 种策略：（1）样品的直接检测, 例如PCR检测, 其中荧光定量PCR是较快的一种方法；（2）检测前经过较短时间的菌体富集,与传统的培养鉴定相比获得结果的速度更快；（3）分离培养后的快速鉴定。针对rRNA的肽核酸探针已经成功应用于以上3种方式的诊断, 由于肽核酸与核酸结合的高特异性和敏感性等特点, 在此基础上已经发展了多种形式的检测模式, 如基于显微镜载玻片的荧光原位杂交、基于滤膜的荧光原位杂交、化学发光原位杂交、液杂交、淬灭剂标记的肽核酸（Q-PNA） PCR 等技术。随着多态性微生物分类学及生物信息学的发展, 两者共同推进了微生物快速诊断技术的飞速发展。

近年来我国微生物诊断试剂市场规模占体外诊断产业比重维持在3-5%之间，2015年我国微生物诊断试剂市场规模达到11.5亿元。

我国微生物学诊断领域起步较晚，受制于国内生物医学和机电一体化应用落后于国际水平，国内微生物学诊断发展一直比较缓慢，培养基种类不多，需求基本要依赖进口满足。我国微生物学诊断与国际水平差距较大。鉴于此，未来我国微生物诊断的发展将是引进消化与自主研发并举，产品实现标准化、流水线的操作。