扫描透射电子显微镜（STEM），简称扫描透射电镜，兼具透射电子显微镜（TEM）与扫描电子显微镜（SEM）功能，一般采用场发射电子枪来产生电子束，利用电子束扫描样品表面并穿透样品从而成像。
扫描透射电镜的工作原理是，场发射电子枪发射电子束，汇聚为纳米尺度电子探针，在样品表面进行扫描，电子透过样品并与样品相互作用发生散射，携带有样品信息的电子被探测器检测，最终生成图像，可以获得样品的形貌、成分等信息。
扫描透射电镜通常是在透射电子显微镜基础上增加扫描附件制造而成，是一种新型透射电子显微镜。随着科技不断进步，市场对高端透射电子显微镜需求不断上升，推动新型透射电子显微镜陆续被开发问世，扫描透射电镜是其中最常见产品之一。
扫描透射电镜综合了扫描电子分析、透射电子分析的优点，与单一的透射电子显微镜、扫描电子显微镜相比，技术含量更高，可以观察较厚样品，可以在纳米/原子尺度上分析物质，进行高分辨率成像，能够分析生物大分子、有机高分子等，凭借优秀的直接生成图像的能力在研究实验室中发展空间大。
受新冠疫情影响，2020年全球电子显微镜市场下跌，2021年开始回暖。中国是全球最大的电子显微镜市场，需求增速远高于全球平均水平。2023年，全球透射电子显微镜市场规模约为3.6亿美元；预计2023-2029年，全球透射电子显微镜市场将继续以6.0%的年复合增长率增长。
近三年来，受益于科研需求上升，中国电子显微镜市场中，性能更为优异的扫描透射电镜与场发射电镜成为主流产品。由此来看，中国扫描透射电镜市场发展前景广阔。早期，中国透射电子显微镜、扫描电子显微镜需求依靠进口，近年来相关技术瓶颈陆续突破，均已掌握自主研制实力，为扫描透射电镜行业发展奠定坚实技术基础。
在海外市场中，扫描透射电镜生产商主要有美国FEI（赛默飞世尔Thermo Fisher）、德国卡尔蔡司（Carl Zeiss）、日本电子（JEOL）、日本日立高新（Hitachi High-Technologies）等。在中国市场中，扫描透射电镜生产商主要有中科科仪、国仪量子、纳境鼎新等。其中，纳境鼎新于2021年7月发布高通量生物扫描透射电子显微镜智眸365（Smart View 365）。