烃基生物柴油（HVO）是第二代生物柴油，其原料包括可食用油脂（菜籽、大豆、棕榈)、非粮油脂（麻风树种、橡胶籽、苦杏仁)、废弃油脂（餐饮废油、煎炸油)或藻类油脂二氧化碳或生物质，采用加氢脱氧工艺，油脂在催化剂的作用下实现加氢、脱氧后得到二代生物柴油。烃基生物柴油（HVO）优势相对于一代酯基生物柴油可直接使用，掺混上限100%，但是其生产成本相对于一代酯基生物柴油较高。
    烃基生物柴油（HVO）产品的生产成本较高，主要是由于加氢脱氧和异构化催化剂较贵。烃基生物柴油（HVO）当前主要的生产技术路线包括NExBTL工艺、Ecofining工艺以及沸腾床加氢工艺。NExBTL工艺利用高压加氢技术，将动植物油脂、微藻油脂以及废弃餐饮油等多样油脂，转化为丙烷、生物汽油以及生物柴油等清洁燃料。Ecofining工艺通过加氢处理油脂，脱除甘油三酯中的氧，生成C16～C18直链烷烃，并副产丙烷，随后通过异构化反应生成带有支链的烷烃。沸腾床加氢工艺对棕榈酸化油等废弃油脂进行简单的脱水处理，随后将其送入反应器中，进行加氢脱羧基、加氢脱羰基以及烯烃饱和反应。
    烃基生物柴油（HVO）的应用场景主要在陆运、船运、化工。近年来，政策对于生物柴油领域的支持增加，多国提高生物柴油掺混比例，推动了烃基生物柴油（HVO）产品的市场推广进度。烃基生物柴油（HVO）还可以作为SAF（可持续航空燃料）的原料，在航空领域降碳的需求推动下，烃基生物柴油（HVO）市场也受到带动。
   当前，中国主要的烃基生物柴油（HVO）生产企业主要有卓越新能、海新能科等。北京海新能源科技股份有限公司是称海国投集团旗下的控股上市公司，主要从事研发、生产、销售烃基生物柴油。海科新能采用MCT悬浮床生产烃基生物柴油，具有对原料杂质要求低、催化剂可多次循环使用和在线补充、油品直接达到商品级品质等优势。龙岩卓越新能源股份有限公司是一家专业利用废油脂（地沟油、酸化油等）从事生物柴油、衍生产品工业甘油、生物酯增塑剂、水性醇酸树脂等的研发、生产与销售的企业。卓越新能的烃基生物柴油生产线于2024年第三季度开工建设，预计2025年三季度投产。